История музея в городе Верхотурье начинается в 1921 году, когда был основан Верхотурский краеведческий музей, который в середине 30-х годов был расформирован и вновь воссоздан в 1977 году.

Музей в своем современном состоянии основан 2000 году и сегодня в комплекс Верхотурского Кремля входят пять памятников архитектуры и градостроительства:

Свято-Троицкий собор (1703–1710 гг.); Дом воеводы (1801 г.); Приказные палаты (1825–1830 гг); Уездное казначейство (1913 г.); Государевы амбары (1703 г.).